Hiếu Chiêu Đế được tường thuật là người mẫn cán trong các hành động, và sau khi lên ngôi, ông đã dành cả ngày để xem xét các điều luật và quy định của Văn Tuyên Đế, tìm kiếm để sửa đổi các điều luật không phù hợp hoặc quá hà khắc. Ông được ca ngợi bởi đức tính này của mình, song cũng chịu các chỉ trích vì quá để tâm đến các tiểu tiết. Ông cũng được tường thuật là người con có hiếu với Lâu thái hậu và yêu thương các anh em của mình. Tuy nhiên, có một người em không hài lòng với ông là Cao Đam do Hiếu Chiêu Đế trước đó đã đồng ý trao ngôi vị hoàng thái tử cho Cao Đam song sau đó lại trao cho con trai là Cao Bách Niên vào mùa đông năm 560, cùng thời điểm tấn phong Nguyên hoàng hậu. Ông cũng bắt đầu lập kế hoạch chiến lược dài hạn chống lại kình địch Bắc Chu, theo đó sẽ dần dần đoạt lấy lãnh thổ Bắc Chu ở bờ đông Hoàng Hà. Ông giao phó cho quyền quyết định nhiều vấn đề cho Vương Hi, Dương Hưu Chi (陽休之), và Thôi Cật (崔劼), thường để họ ở lại trong cung điện cả ngày để nghiên cứu các điều luật và quy định.

Vào mùa xuân năm 561, Hiếu Chiêu Đế đã lệnh cho tướng cũ của Lương là Vương Lâm (chạy sang Bắc Tề năm 560) lên một kế hoạch chiến dịch chống lại nhà Trần. Sau đó, Hiếu Chiêu Đế phong Vương Lâm làm thứ sử của Dương châu (揚州, nay là trung bộ An Huy).

Trong suốt thời gian trị vì, Hiếu Chiêu Đế ở tại bồi đô Tấn Dương thay vì kinh đô Nghiệp thành, để kinh đô cho em là Cao Đam trấn thủ. Vào mùa thu năm 561, do lo ngại rằng Cao Đam có quá nhiều quyền lực, Hiếu Chiêu Đế đã cố chuyển bớt một số quyền của Cao Đam cho tướng Hộc Luật Tiện (斛律羨, con trai của Hộc Luật Kim), song Cao Đam đã từ chối chuyển giao bất kì quyền nào của mình. Trong khi đó, các pháp sư đã thông báo cho Hiếu Chiêu Đế rằng linh khí đế quốc vẫn nằm ở Nghiệp thành, khiến cho ông lo lắng. Cao Quy Ngạn lo rằng mình sẽ bị trả thù một khi Cao Ân trở lại ngai vàng, vì thế người này đã thuyết phục Hiếu Chiêu Đế loại bỏ cháu trai, do đó Hiếu Chiêu Đế đã ban một thánh chỉ triệu tập Tế Nam vương đến Tấn Dương. Do thất vọng trước việc không được phong làm hoàng thái tử, trong một thời gian ngắn Cao Đam đã tính đến việc phục vị cho Cam Ân và khởi đầu một cuộc nổi dậy chống lại Hiếu Chiêu Đế song cuối cùng đã không hành động do các pháp sư của ông báo lại rằng họ tin ông ta sẽ lên ngôi hoàng đế vào một ngày nào đó. Cao Đam vì thế đã đưa Cao Ân đến Tấn Dương. Ngay sau đó, Hiếu Chiêu Đế đã phái các sát thủ đem rượu độc đến cho Cao Ân, và khi Cao Ân từ chối uống, các sát thủ đã bóp cổ cựu hoàng đế đến chết. Hiếu Chiêu Đế ngay sau đó đã hối tiếc về việc sát hại cháu trai.

Vào mùa đông năm 561, trong khi đang đi săn, ngựa của Hiếu Chiếu Đế hoảng sợ trước một con thỏ, và ông đã ngã khỏi lưng ngựa và bị gãy xương sườn. Khi Lâu thái hậu đến gặp ông, bà hỏi ông Cao Ân đang ở nơi nào, và ông đã không thể trả lời. Lâu thái hậu giận dữ nói: "Chăng phải nhà ngươi đã giết chết nó sao? Do nhà ngươi không nghe lời ta, nhà ngươi nên chết đi!" rồi dời đi và không nhìn mặt ông lần nữa. Ngay sau đó, tin rằng mình sắp chết, ông đã ban một thánh chỉ nói rằng Cao Bách Niên còn quá nhỏ để kế vị, vì thế đế vị sẽ được giao cho Cao Đam. Ông cũng viết một bức thư cho Cao Đam và nói rằng, "Bách Niên vô tội. Em có thể làm bất kỳ điều gì với nó, song đừng giết chết nó!" Ông qua đời trong ngày hôm đó, trong khi than vãn rằng ông không thể phụng dưỡng mẹ trong quãng đời còn lại của bà. Ngay sau đó, Cao Đam đến Tấn Dương và lên ngôi, tức là Vũ Thành Đế.